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2001年6月15日，上合組織成員國(guó)元首理事會(huì)首次會(huì)議在中國(guó)上海舉行。會(huì)上，六國(guó)元首簽署了《上海合作組織成立宣言》，宣告上合組織正式成立。
2002年6月7日，元首理事會(huì)第二次會(huì)議在俄羅斯圣彼得堡舉行。六國(guó)元首簽署《上海合作組織憲章》《關(guān)于地區(qū)反恐怖機(jī)構(gòu)的協(xié)定》《上海合作組織成員國(guó)元首宣言》等三個(gè)重要文件，為上合組織的機(jī)制化和法律化建設(shè)奠定了基礎(chǔ)。
2003年5月29日，元首理事會(huì)第三次會(huì)議在莫斯科舉行。會(huì)上，六國(guó)元首討論了在新形勢(shì)下如何抓住機(jī)遇、應(yīng)對(duì)挑戰(zhàn)、加強(qiáng)協(xié)調(diào)、擴(kuò)大合作、促進(jìn)地區(qū)和平與發(fā)展等重大問(wèn)題，并達(dá)成廣泛共識(shí)。六國(guó)元首還簽署了《上海合作組織成員國(guó)元首宣言》。
2004年6月17日，元首理事會(huì)第四次會(huì)議在烏茲別克斯坦首都塔什干舉行。六國(guó)元首正式啟動(dòng)上海合作組織地區(qū)反恐怖機(jī)構(gòu)，簽署、批準(zhǔn)了《塔什干宣言》、反毒合作協(xié)議等多份重要文件，并決定采取新舉措，推進(jìn)安全和經(jīng)濟(jì)方面的務(wù)實(shí)合作，建立成員國(guó)外交部間協(xié)作機(jī)制等。塔什干峰會(huì)標(biāo)志著成立三年的上合組織正式結(jié)束初創(chuàng)階段，進(jìn)入了全面發(fā)展的新時(shí)期。會(huì)上，蒙古國(guó)被吸收為上合組織觀察員。
2005年7月5日，元首理事會(huì)第五次會(huì)議在哈薩克斯坦首都阿斯塔納舉行。六國(guó)元首簽署了《上海合作組織成員國(guó)元首宣言》等重要文件，并決定給予巴基斯坦、伊朗、印度觀察員地位。
2006年6月15日，元首理事會(huì)第六次會(huì)議在上海舉行。六國(guó)元首圍繞弘揚(yáng)“上海精神”、深化務(wù)實(shí)合作、促進(jìn)和平發(fā)展的主題，提出了上合組織發(fā)展的遠(yuǎn)景規(guī)劃，簽署了《上海合作組織五周年宣言》等重要文件，為上合組織的下一步發(fā)展確定了方向和任務(wù)。
2007年8月16日，元首理事會(huì)第七次會(huì)議在吉爾吉斯斯坦首都比什凱克舉行。六國(guó)元首簽署了《上海合作組織成員國(guó)長(zhǎng)期睦鄰友好合作條約》，把成員國(guó)人民“世代友好、永保和平”的思想以法律形式確定下來(lái)。
2008年8月28日，元首理事會(huì)第八次會(huì)議在塔吉克斯坦首都杜尚別舉行。六國(guó)元首就上海合作組織發(fā)展和合作重點(diǎn)方向、相互關(guān)系準(zhǔn)則、對(duì)外交往基本立場(chǎng)等達(dá)成新的重要共識(shí)。會(huì)議通過(guò)了《上海合作組織成員國(guó)元首杜尚別宣言》《上海合作組織對(duì)話伙伴條例》等重要文件。
2009年6月15日至16日，元首理事會(huì)第九次會(huì)議在俄葉卡捷琳堡舉行。六國(guó)元首簽署了《葉卡捷琳堡宣言》和《反恐怖主義公約》等重要文件。會(huì)議決定給予斯里蘭卡和白俄羅斯對(duì)話伙伴地位。
2010年6月11日，元首理事會(huì)第十次會(huì)議在烏首都塔什干舉行。會(huì)議發(fā)表了《上海合作組織成員國(guó)元首理事會(huì)第十次會(huì)議宣言》，批準(zhǔn)了《上海合作組織接收新成員條例》和《上海合作組織程序規(guī)則》。
2011年6月15日，元首理事會(huì)第十一次會(huì)議在哈首都阿斯塔納舉行。六國(guó)元首圍繞回顧過(guò)去、展望未來(lái)、凝聚共識(shí)、鞏固團(tuán)結(jié)的主題，總結(jié)了過(guò)去的成就和發(fā)展經(jīng)驗(yàn)，并在深入分析國(guó)際和地區(qū)形勢(shì)發(fā)展的基礎(chǔ)上簽署《上海合作組織十周年阿斯塔納宣言》，對(duì)上合組織未來(lái)10年的發(fā)展方向作出戰(zhàn)略規(guī)劃。
2012年6月6日至7日，元首理事會(huì)第十二次會(huì)議在北京舉行。國(guó)家主席胡錦濤作為主席國(guó)元首主持會(huì)議。與會(huì)領(lǐng)導(dǎo)人就深化成員國(guó)友好合作以及重大國(guó)際和地區(qū)問(wèn)題深入交換意見(jiàn)，并對(duì)上海合作組織未來(lái)發(fā)展作出規(guī)劃，達(dá)成新的重要共識(shí)。成員國(guó)元首簽署了《上合組織成員國(guó)元首關(guān)于構(gòu)建持久和平、共同繁榮地區(qū)的宣言》等10個(gè)文件。上合組織成員國(guó)元首一致同意接收阿富汗為上合組織觀察員國(guó)、土耳其為上合組織對(duì)話伙伴國(guó) 。
2013年9月13日，元首理事會(huì)第十三次會(huì)議在吉爾吉斯斯坦比什凱克舉行。與會(huì)元首共同簽署并發(fā)表了《上海合作組織成員國(guó)元首比什凱克宣言》。峰會(huì)批準(zhǔn)《〈上海合作組織成員國(guó)長(zhǎng)期睦鄰友好合作條約〉實(shí)施綱要(2013-2017)》。國(guó)家主席習(xí)近平發(fā)表題為《弘揚(yáng)“上海精神”促進(jìn)共同發(fā)展》的重要講話。中方在峰會(huì)上宣布已成立上合組織睦鄰友好合作委員會(huì)。
2014年9月12日，元首理事會(huì)第十四次會(huì)議在塔吉克斯坦杜尚別舉行。與會(huì)各方圍繞進(jìn)一步完善上海合作組織工作，發(fā)展上海合作組織域內(nèi)長(zhǎng)期睦鄰友好關(guān)系、維護(hù)地區(qū)安全、加強(qiáng)務(wù)實(shí)合作以及當(dāng)前重大國(guó)際和地區(qū)問(wèn)題交換意見(jiàn)。國(guó)家主席習(xí)近平發(fā)表《凝心聚力精誠(chéng)協(xié)作推動(dòng)上海合作組織再上新臺(tái)階》的講話，提出4點(diǎn)主張。成員國(guó)元首簽署并發(fā)表了《杜尚別宣言》，簽署了《上海合作組織成員國(guó)政府間國(guó)際道路運(yùn)輸便利化協(xié)定》，批準(zhǔn)《給予上海合作組織成員國(guó)地位程序》和《關(guān)于申請(qǐng)國(guó)加入上海合作組織義務(wù)的備忘錄范本》修訂案。
2015年7月10日，元首理事會(huì)第十五次會(huì)議在俄羅斯烏法舉行。會(huì)議的主題是規(guī)劃組織未來(lái)發(fā)展，就本組織發(fā)展及國(guó)際和地區(qū)重要問(wèn)題協(xié)調(diào)立場(chǎng)，東道國(guó)俄羅斯總統(tǒng)普京主持會(huì)議。國(guó)家主席習(xí)近平發(fā)表題為《團(tuán)結(jié)互助共迎挑戰(zhàn)推動(dòng)上海合作組織實(shí)現(xiàn)新跨越》的重要講話。共同簽署并發(fā)表了《烏法宣言》。批準(zhǔn)包括《上合組織至2025年發(fā)展戰(zhàn)略》在內(nèi)的一系列文件，簽署《上合組織成員國(guó)邊防合作協(xié)定》，通過(guò)關(guān)于啟動(dòng)接收印度、巴基斯坦加入上合組織程序等決議，發(fā)表成員國(guó)元首關(guān)于世界反法西斯戰(zhàn)爭(zhēng)勝利70周年的聲明、關(guān)于應(yīng)對(duì)毒品問(wèn)題的聲明以及會(huì)議《新聞公報(bào)》。
2016年6月24日，元首理事會(huì)第十六次會(huì)議在烏茲別克斯坦塔什干舉行。與會(huì)各方就攜手應(yīng)對(duì)地區(qū)和國(guó)際新挑戰(zhàn)、全面提升上合組織各領(lǐng)域合作水平以及上合組織未來(lái)發(fā)展等問(wèn)題深入交換意見(jiàn)。習(xí)近平主席發(fā)表題為《弘揚(yáng)上海精神，鞏固團(tuán)結(jié)互信，全面深化上海合作組織合作》的重要講話。成員國(guó)元首發(fā)表《上合組織成立十五周年塔什干宣言》和《新聞公報(bào)》，批準(zhǔn)《〈上合組織至2025年發(fā)展戰(zhàn)略〉2016—2020年落實(shí)行動(dòng)計(jì)劃》等文件，見(jiàn)證簽署印度、巴基斯坦加入上合組織義務(wù)的備忘錄，有關(guān)部門授權(quán)代表簽署了《上合組織成員國(guó)旅游合作發(fā)展綱要》。
2017年6月9日，元首理事會(huì)第十七次會(huì)議在哈薩克斯坦阿斯塔納舉行。與會(huì)各方圍繞上合組織發(fā)展現(xiàn)狀、任務(wù)和前景，以及國(guó)際和地區(qū)重大問(wèn)題等交換意見(jiàn)，達(dá)成廣泛共識(shí)。習(xí)近平主席在會(huì)上發(fā)表《團(tuán)結(jié)協(xié)作，開(kāi)放包容，建設(shè)安全穩(wěn)定、發(fā)展繁榮的共同家園》的重要講話。成員國(guó)元首簽署并發(fā)表《阿斯塔納宣言》，發(fā)表《新聞公報(bào)》、《上海合作組織成員國(guó)元首關(guān)于共同打擊國(guó)際恐怖主義的聲明》，簽署《上合組織反極端主義公約》，批準(zhǔn)給予印度、巴基斯坦上合組織成員國(guó)地位等7份決議。峰會(huì)期間，各方授權(quán)代表還簽署了《2017—2018年落實(shí)〈上合組織成員國(guó)旅游合作發(fā)展綱要〉聯(lián)合行動(dòng)計(jì)劃》、《上合組織秘書處與紅十字國(guó)際委員會(huì)諒解備忘錄》。此外，本次峰會(huì)決定中方擔(dān)任2017—2018年上合組織主席國(guó)，習(xí)近平主席宣布中方將于2018年6月主辦下次峰會(huì)。
